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南方科技大学——超算中心
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所属行业:
组织规模:Intel,Cluster Engine
摘要:

  本项目的目标也是建立面向全校的公共计算平台,集中管理和运行主要的商用软件、开源软件和自主研发软件,能够支持千核以上应用及大内存、大存储应用,满足全校师生大部分通用计算求解的需求。

  学校各科研单位超算需求一览表

应用单位

典型应用方向

常用软件

生物

分子动力学、序列比对、拼接、基因组学分析

BWA、Velvet、Gromacs、自主软件

环境

环境监测模拟与分析、智能决策、三维可视化呈现、GPU加速

WRF、WRF-chem、自编软件

化学

分子动力学、第一性原理、材料模拟、化工过程、凝聚态物理

高斯、ADF、VASP、MS;gromacs、lammps等开源软件和自主软件

材料

物理

金融

软件开发、大数据、分析统计、并行计算方法研究

Matlab、R、Bigdata(MapReduce)

数学

项目背景:

  南方科技大学是一所创新型大学,目标是迅速建成国际化高水平研究型大学,建成中国重大科学技术研究与拔尖创新人才培养的重要基地。南方科技大学学科设置以理工科为主,兼具部分特色人文社会学科与管理学科。首批设立物理学、化学、生物学、微纳材料与器件、金融数学与金融工程等5个系,开设物理学、化学、生物信息学、生物技术、微电子科学与工程、金融数学等6个专业。

  本期项目旨在满足校内科研需求,当前学校各大学科中计算需求量较大且迫切的学科主要集中在物理、化学、生物、金融数学等领域。

解决方案概述:

应用特点分析

  据初步统计,各学科超算应用领域的需求整理见下表。

  学校各科研单位超算需求一览表

应用单位

典型应用方向

常用软件

生物

分子动力学、序列比对、拼接、基因组学分析

BWA、Velvet、Gromacs、自主软件

环境

环境监测模拟与分析、智能决策、三维可视化呈现、GPU加速

WRF、WRF-chem、自编软件

化学

分子动力学、第一性原理、材料模拟、化工过程、凝聚态物理

高斯、ADF、VASP、MS;gromacs、lammps等开源软件和自主软件

材料

物理

金融

软件开发、大数据、分析统计、并行计算方法研究

Matlab、R、Bigdata(MapReduce)

数学

  本项目的目标也是建立面向全校的公共计算平台,集中管理和运行主要的商用软件、开源软件和自主研发软件,能够支持千核以上应用及大内存、大存储应用,满足全校师生大部分通用计算求解的需求。

详细解决方案:

  浪潮集群整体方案分为节点部分,存储部分,网络部分,基础设施部分及软件部分。软件部分包括Intel Enterprise Edition Lustre企业版并行文件系统,集群管理监控及作业调度软件Cluster Engine和应用特征分析软件天眼等,满足所有节点授权使用。

  系统整体指标汇总如下:

项目

性能指标

计算节点双精度理论浮峰值

256.1376Tflops(其中CPU 232.8576Tflops,GPU 23.28Tflops)

存储系统

IEEL并行文件存储系统,在线存储43T,近线存储528TB

存储系统带宽

聚合带宽可扩展至10GB/s

计算和存储网路

所有节点全线速无阻塞100Gb/s高速互联网络,324口核心网络,可扩展至648口

  • 系统拓扑

客户收益:

  浪潮具备大型超算系统的构建和运营经验,并提出高性能高可靠的软硬件一体化解决方案,在此基础上为用户按需定制专业应用软件,重视用户的应用需求。本次建设的超算中心能够为客户提供统一的高性能+大数据的计算和存储资源服务。

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